In Südafrika wurden einige der ältesten paläoanthropologischen Fossile der Welt ausgegraben. Überreste des Australopithecus africanus wurden bei Taung („Kind von Taung“) und in den Höhlen von Sterkfontein („Little Foot“), Kromdraai und Makapansgat gefunden, von denen die ältesten auf etwa 3,5 Millionen Jahre datiert werden. Nach diesen Vormenschen lebten hier verschiedene Arten der Gattung Homo wie Homo habilis, Homo naledi, Homo erectus und schließlich der moderne Mensch, Homo sapiens. Während der Wanderung der Bantu-Stämme überquerten die Bantu den Limpopo und ließen sich etwa 500 n. Chr. im heutigen Südafrika als Bauern und Hirten nieder. Sie gelangten im Verlauf ihrer Wanderung bis zum Fish River, der heute in der Provinz Ostkap liegt. Die seit etwa 20.000 Jahren in den Gebieten des heutigen Südafrika lebenden Jäger-und-Sammler-Völker der San und Khoikhoi wurden von den Bantu immer weiter zurückgedrängt.

Der Beginn der modernen Geschichtsschreibung in Südafrika wird auf den 6. April 1652 festgelegt, als der Niederländer Jan van Riebeeck im Auftrag der Niederländischen Ostindien-Kompanie (niederländisch Vereenigde Oostindische Compagnie, VOC) am Kap der Guten Hoffnung eine Versorgungsstation errichtete. Diese sollte aufgrund ihrer strategisch günstigen Lage Raststation für Handelsschiffe sein, die zwischen Europa und Südostasien unterwegs waren. Während des 17. und 18. Jahrhunderts war die Siedlung, die sich langsam aber stetig vergrößerte, in niederländischem Besitz. Die Siedler breiteten sich zunächst in der westlichen Kapregion aus, bis zu jener Zeit Rückzugsgebiet der Khoisan. Nachdem sie 1770 ostwärts die Siedlungsgrenze der Bantu erreicht hatten, führten sie eine Reihe von Kriegen – die Grenzkriege – gegen das Volk der Xhosa. Die Kapholländer holten zahlreiche Sklaven aus Indonesien, Madagaskar und Indien ins Land. Anfang des Jahres 1743 war die Zahl der Sklaven in der Provinz deutlich höher als die der europäischen Siedler. Die Nachfahren dieser Sklaven, die oft europäische Siedler heirateten, wurden später zusammen mit den San in die Bevölkerungsklasse der „Farbigen“ oder auch „Kap-Malaien“ eingestuft und stellen heute mit etwa 50 % die Mehrheit der Bevölkerung in der Provinz Westkap.

Als die VOC schließlich dem Bankrott nahe war und der Einfluss der niederländischen Händler schwand, besetzten im Jahre 1797 Truppen des Königreichs Großbritannien die Region um das Kap der Guten Hoffnung. Die Niederlande wurden im Verlauf der Revolutionskriege von Napoléon Bonapartes Truppen besetzt und die 1795 gegründete Batavische Republik war nicht mehr mit den Briten verbündet. Die Kapregion wurde also vor dem Hintergrund besetzt, dass dieser für den Handel strategisch wichtige Standort nicht den Franzosen in die Hände fallen sollte. Die Briten mussten das Land nach dem Frieden von Amiens 1802 an die Niederlande zurückgeben, eroberten es aber im Jahr 1806 erneut und errichteten hier nun dauerhaft eine britische Kronkolonie, die Kapkolonie. Die Grenzkriege mit den Xhosa dauerten an und vergrößerten das Land immer weiter bis zum Ostufer des Great Fish River. Die Grenze der neuen Kronkolonie wurde von den Briten stark befestigt und das dahinter liegende Land rasch von Weißen besiedelt. Als im Jahr 1833 das britische Parlament die Abschaffung der Sklaverei in ihrem weltweiten Einflussgebiet verfügte, entzog das vielen Buren die Existenzgrundlage. Um sich dem Einflussbereich des britischen Rechts zu entziehen und die Ausbeutung der Nicht-Weißen fortführen zu können, wichen sie als sogenannte Voortrekker ins Hinterland aus. Im Großen Treck von 1835 bis 1841 wanderten rund 14.000 Buren in die Gebiete nördlich des Oranje-Flusses aus. Dort gründeten sie zahlreiche Burenrepubliken, darunter die Südafrikanische Republik, auch Transvaal genannt, und den Oranje-Freistaat.

Die Entdeckung von Diamanten im Jahr 1867 und Gold im Jahr 1886 führte zu starkem wirtschaftlichem Wachstum und zur Einwanderung vieler Europäer, was die Benachteiligung und Ausbeutung der ursprünglichen Bevölkerung weiter vorantrieb. Die Buren wehrten sich während des sogenannten Ersten Burenkriegs (1880–1881) gegen die britischen Expansionsbestrebungen. Obwohl die Buren zahlenmäßig weit unterlegen waren, leisteten sie erfolgreich Widerstand, da sie sich strategisch besser an die örtlichen Gegebenheiten anpassten. So trugen beispielsweise die burischen Soldaten khakifarbene Uniformen, durch die sie besser getarnt waren, während die Briten ihre traditionellen Rotröcke trugen, die sie zu einem leichten Ziel für burische Scharfschützen machten.

Bis 1945

In den Jahren 1899–1902 kehrten die Briten noch zahlreicher zurück und kämpften gegen die Buren im Zweiten Burenkrieg. Unter anderem zielte der Krieg auf die Kontrolle der reichen Goldvorkommen am Witwatersrand ab. Der burische Versuch, sich mit dem Deutschen Reich und der Kolonie Deutsch-Südwestafrika zu verbünden, war für die Briten ein zusätzlicher Grund, nun vollkommen die Kontrolle über die Burenrepubliken zu übernehmen. Die Buren leisteten diesmal vergeblich Widerstand, da die Briten zahlenmäßig überlegen waren und eine bessere Nachschubversorgung hatten. Im Frieden von Vereeniging wurden die beiden Burenrepubliken in das Britische Empire eingegliedert, ansonsten wurden den Buren aber großzügige Friedensbedingungen gewährt, wie beispielsweise die Anerkennung des Niederländischen als Amtssprache. Um die Buren weiterhin zu befrieden, stimmten die Briten in dem Vertrag aber auch diskriminierenden Regelungen zu, die die Bürgerrechte der nicht-weißen Einwohner Transvaals und des Oranje-Freistaats einschränkten.

Nach vier Verhandlungsjahren wurde am 31. Mai 1910 aus den vier Kolonien Natal, Transvaal, Oranjefluss-Kolonie und Kapkolonie die Südafrikanische Union gegründet, auf den Tag genau acht Jahre nach dem Ende des Zweiten Burenkriegs. 1934 vereinigten sich die britische South African Party (Südafrikanische Partei) und die Nationale Partei der Buren zur United Party (Vereinigte Partei), mit der Absicht, Briten und Buren zu versöhnen. Diese Gemeinschaftspartei spaltete sich allerdings 1939 wieder auf, da keine Einigkeit über den Eintritt in den Zweiten Weltkrieg an der Seite Großbritanniens erzielt werden konnte. Die rechtsgerichtete National Party (Afrikaans Nasionale Party) sympathisierte mit Hitler-Deutschland und strebte eine radikale Rassentrennung an.

Nach 1945, Apartheid

Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs konnte die weiße Bevölkerungsminderheit unter der politischen Führung der National Party ihre Macht festigen und die Apartheidsstrukturen autoritär ausbauen, indem sie eine zunehmende Zahl von Gesetzen durch das Parlament verabschieden ließ, die das Land und das alltägliche Leben konsequent und systematisch in ein Zweiklassenrecht zergliederten und viele Bürgerrechte umfassend einschränkten.

Konkrete Folge dieser Politik war eine fortschreitende räumliche Trennung der Wohnstätten zwischen der europäischstämmigen und den anderen Bevölkerungsgruppen mit zunehmender wirtschaftlicher Ausbeutung und Entrechtung der dabei benachteiligten Einwohner, vorrangig Schwarze. Zusätzlich wuchsen die Repressionen gegen die Coloureds, Indischstämmige und Kapmalaien. Angestrebt wurde die dauerhafte Ansiedlung der Afrikaner (schwarze Bevölkerung) in schon länger als Native Reserves bezeichnete Gebiete (die späteren Bantustans), deren formelle staatliche Unabhängigkeit schrittweise vorbereitet und in vier Fällen auch erreicht wurde. Mehrere Regierungskommissionen hatten sich im 20. Jahrhundert mit der sozioökonomischen Entwicklung dieser Areale und ihrer Bevölkerung, schwerpunktmäßig aus der Sicht „weißer“ Politikmodelle, befasst, obwohl es auch alternative Ansätze gab.

Südafrika erlebte in den 1960er-Jahren einen rasanten wirtschaftlichen Aufstieg und wurde als einziges Land des afrikanischen Kontinents zur Ersten Welt gezählt. Investitionen flossen ins Land und zahlreiche ausländische Unternehmen gründeten wegen der vielzahlig verfügbaren billigen Arbeitskräfte eigene Niederlassungen bzw. Tochterunternehmen. Allerdings kam der erwirtschaftete Wohlstand hauptsächlich der weißen Bevölkerungsminderheit zugute, was sich auch in der Bildungs-, Ausbildungs- und Lohnpolitik des Landes über mehrere Jahrzehnte widerspiegelte.

Südafrika führte am 1. Januar 1970 das metrische System ein.

Die Apartheid war ein bedeutendes Konfliktfeld während der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Auf Drängen der afrikanischen und asiatischen Mitgliedsstaaten musste Südafrika das Commonwealth verlassen (1961) und wurde erst 1994 wiederaufgenommen. Nach einem Referendum (1960) und mit dem Republic of South Africa Constitution Act (Act No. 32 / 1961) wurde die bisherige Südafrikanische Union in Republik Südafrika umbenannt und der Bezug zum Commonwealth in einen neuen Staatsbegriff transformiert. Weiterhin wuchs der Unmut der unterdrückten Bevölkerungsschichten und erreichte einen Höhepunkt im Jahr 1976, als Sicherheitskräfte während des Aufstands von Soweto gegen eine Schülerdemonstration vorgingen und wobei 176 schwarze Schüler und Studenten starben. In den 1980er-Jahren geriet Südafrika international weiter unter Druck, da es verstärkt mit politischen und wirtschaftlichen Sanktionen belegt wurde, um damit ein Einlenken auf den Gebieten seiner rassistisch geprägten Innen- und Außenpolitik zu bewirken. Wirkungsvoll waren dabei die Verhängung von UN-Sanktionen sowie eine internationale Divestment-Kampagne, die ab Mitte der 1980er Jahre eine Kapitalflucht auslöste.

Ende der Apartheid

Im Jahr 1990, nach einem langen Zeitraum des Widerstands mit Streiks, Protestmärschen, internationalen Aktivitäten, Sabotage und auch Terrorangriffen verschiedener Anti-Apartheid-Bewegungen – die bekannteste ist der African National Congress (ANC) – ging die nunmehr international isolierte Regierung der National Party einen ersten Schritt in Richtung ihrer eigenen Entmachtung, als sie das Verbot des ANC und anderer politischer Organisationen aufhob und Nelson Mandela – einen der bekanntesten Widerstandskämpfer – nach 27 Jahren aus dem Gefängnis freiließ. Die Apartheidsstrukturen verschwanden schrittweise aus der Gesetzgebung und so wurden im Ergebnis die ersten für alle Bewohner freien Wahlen am 27. April 1994 möglich. Der ANC errang einen überwältigenden Wahlsieg und ist seitdem die Regierungspartei. Nelson Mandela wurde zum ersten schwarzen Präsidenten Südafrikas gewählt und erhielt zusammen mit dem letzten Staatspräsidenten von der National Party, Frederik Willem de Klerk, den Friedensnobelpreis für ihre Beiträge zur Beendigung der Apartheid.

Mandelas Nachfolger wurde 1999 Thabo Mbeki. Trotz des ursprünglich linksgerichteten politischen Konzepts verfolgten die ANC-Regierungen stets auch Aspekte einer liberalen Wirtschaftspolitik, was maßgeblich zu einem starken Wirtschaftswachstum, aber auch zu neuen Disparitäten im Sozialgefüge des Landes beigetragen hat. In der Folge bildete sich eine kleine schwarze, wohlhabende Mittelschicht heraus. Dennoch konnte sich die Lage von Millionen nicht-weißer Südafrikaner gegenüber der vergangenen Periode der Apartheid nicht oder nur geringfügig verbessern.

Bei den dritten freien Wahlen 2004 erstarkte der ANC von 66,4 auf 69,7 Prozent der Wählerstimmen. Präsident Mbeki wurde vom Parlament im Amt bestätigt.

Am 15. Mai 2004 wurde Südafrika in Zürich von den FIFA-Delegierten als erstes afrikanisches Land überhaupt zum Veranstalter einer Fußball-Weltmeisterschaft gewählt. Das Turnier wurde vom 11. Juni bis 11. Juli 2010 ausgetragen.

Mitte Mai 2008 kam es vor allem in den Townships zu erheblichen fremdenfeindlichen Übergriffen durch schwarze Südafrikaner, insbesondere gegen Flüchtlinge aus Simbabwe und Somalia. Das mangelnde Vorgehen südafrikanischer Politiker gegen fremdenfeindliche Gewalt in der Vergangenheit trug schließlich auch seinen Teil zu den Ereignissen von 2008 bei.

Am 25. September 2008 trat Präsident Mbeki zurück, nachdem spekuliert worden war, er habe auf das Gerichtsverfahren seines Parteirivalen Jacob Zuma Einfluss genommen. Kgalema Motlanthe wurde als Interimspräsident eingesetzt. Die Wahlen im Frühjahr 2009 konnte abermals der ANC für sich entscheiden. Jacob Zuma wurde anschließend zum Präsidenten gewählt. Am 7. Mai 2014 wurde erneut gewählt. Die ANC konnte abermals eine absolute Mehrheit mit rund 62 Prozent der Stimmen erreichen, büßte jedoch einige Prozentpunkte ein. Zuma wurde damit in seinem Amt bestätigt. Die Democratic Alliance wurde mit rund 22 Prozent zweitstärkste Partei, vor der neugegründeten Partei Economic Freedom Fighters.

Im Jahre 2015 ereigneten sich erneut fremdenfeindliche Angriffe auf afrikanische Arbeitsmigranten, deren Zentrum die Industrieregion Durban war. Es kam im Verlaufe dieser Unruhen zu Todesopfern, Plünderungen und Vertreibung von mehreren tausend Menschen. Im Februar 2018 trat Präsident Zuma auf Druck seiner eigenen Partei zurück und wurde durch Cyril Ramaphosa (ebenfalls ANC) ersetzt.